A palavra flagelação (do termo latino flagellatione) refere-se à prática de atos punitivos, mortificantes ou de sacrifício, por diversos motivos (jurídicos ou religiosos), podendo ter origem em escolha voluntária ou não. Nos países muçulmanos, a flagelação pode ser usada como castigo por violação da xaria (caso do Irão, Arábia Saudita), por consumo de álcool, sexo fora do casamento etc.

O termo aplica-se por exemplo a religiosos que incutem, a si mesmos, sofrimentos e chagas, de modo a imitar a paixão de Cristo. Também os xiitas usam a flagelação como mortificação na forma de autoflagelação.

O sadomasoquismo também recorre à flagelação, mas por motivos eróticos e sexuais.

O termo flagelo é, ainda, aplicado a catástrofes naturais, como terremotos, enchentes, maremotos e incêndios ou para caracterizar grandes epidemias ou doenças incuráveis, tais como SIDA, gripe espanhola, cancro etc.